芬顿工艺促使工业废水中的有机物质发生分解，从而有效降低废水中的生物毒性浓度，可改善水质提高废水的可生化性。但不同的工业生产会产生不同类型的工业废水，其含有的有机物质及毒害物质成分复杂，所以，使用芬顿工艺处理不同的工业废水也会出现一定的效果差异，这是因为不同成分的有机物在不同量的芬顿试剂作用下产生的反应效果不同，同时在有机物质与芬顿试剂的混合反应中，分子会出现脱氢现象，使C-C结构断链。比如，所处理的工业废水中含有较多的水溶性高分子或乙烯化合物，那么它在芬顿试剂的作用下，就很容易产生氢基自由基断链，从而影响芬顿处理的实际效果。